Ahogy az uniós intézmények létrehozásánál lenni szokott, több európai nagyváros is vetélkedett a székhely befogadásáért. Jénát, Barcelonát, Bécset és Pozsonyt megelőzve az első körből Wroclaw, illetve Budapest jutott tovább. Az uniós szokásjog alapján minden tagország valamely városa egy EU-s intézmény székhelye lehet. Mivel Lengyelország már otthont ad az unió külső határvédelmét koordináló ügynökségnek (a FRONTEX-nek), sokan azt várták, hogy Wroclaw visszalép a pályázattól. A lengyelek azonban a május 30-i szavazáson úgy is kitartottak városuk mellett, hogy a többi 26 tagország Budapestet támogatta. Az értékelések szerint ezzel akarták Európa értésére adni: országuk nagysága, jelentősége miatt komoly tényezőként kell velük számolni az unióban. Vétójuk miatt a magyar fővárost kiválasztó döntés csak a múlt héten születhetett meg. Az Euractiv nevû uniós híroldal diplomáciai forrásai szerint a lengyelek Budapest támogatásáért cserébe kompenzációt szerettek volna, de a közösség elutasította kérésüket. Nyilvánvaló, hogy Budapest győzelméhez hozzájárult a magyar tudomány teljesítménye, tudósaink, Nobel-díjasaink tekintélye.
Hazánk már az intézet létrehozásának első terveitől kezdve lobbizott a székhely megszerzéséért. A kormány szerint Magyarország számára stratégiai jelentőségû az EITI: az intézet felállítása innovációs, kutatás-fejlesztési és az egyetemi oktatást integráló szakpolitikai jelentősége mellett hazánk gazdaságdiplomáciai kapcsolatrendszerének felértékelődéséhez vezet. Az intézet épülete a dél-budai Infoparkban lesz, és a kormány húsz évig vállalja az épületbérlet költségeit, valamint öt évig húsz alkalmazott bérköltségét. "A koordinációs központ mûködése valószínûleg jelentős vonzerőt jelent majd a kutatásban és fejlesztésben érdekelt tőke számára, a hozzáadott érték arányának növelésével erősíti majd Magyarország versenyképességét" - hangsúlyozta közleményében Gyurcsány Ferenc. Az Európai Parlament e témával foglalkozó fideszes néppárti képviselője, Barsiné Pataky Etelka a Heti Válasznak azt mondta: "A döntés elsősorban a magyar tudósok sikere, akik az intézményen keresztül új lehetőséget kapnak, hogy csatlakozzanak a nemzetközi tudományos tevékenységhez. A magyar néppárti frakció végig támogatta az ügyet, Szájer József személyesen lobbizott Barroso elnöknél a magyar főváros kiválasztásáért."
Az intézet 2013-ig 300 millió eurós költségvetéssel rendelkezik, és 50-60 fős személyzettel kezdi meg mûködését. Első programjait minden bizonynyal a megújuló energiaforrások és a klímaváltozás témakörében indítják el. Az EITI-nek 2012-ig meg kell alkotnia stratégiai innovációs koncepcióját, mely 7-10 éves perspektívában határozza meg az EU fő céljait. Az Európai Bizottság négytagú testületet hozott létre - benne Boda Miklóssal, a Budapesti Mûszaki és Gazdaságtudományi Egyetem rektori tanácsadójával -, s e testület javaslata alapján nevezik majd ki a 18 tagú igazgatótanácsot az európai tudományos és üzleti világ krémjéből.